Este archivo tiene un  enorme valor histórico y documental. Mientras se encuentre en proceso de identificación, descripción y digitalización no será posible consultar sus fondos. Su conocimiento y estudio servirá para entender el valor de la EEHA y su impulso para volver al estudio de América después de la Guerra Civil (la EEHA se fundó de forma en los años 40 del siglo XX), así como  la importancia de su sede como centro cultural de Sevilla durante numerosas décadas. El archivo está formado por cuatro partes:

El archivo histórico de la EEHA está constituido por 284 cajas en las que hay documentos de diversas características y temáticas: correspondencia con instituciones a nivel mundial, documentación administrativa, información sobre becas, sobre las distintas publicaciones que se realizaban en la imprenta de la EEHA, así como sobre las conferencias, exposiciones y numerosos y diversos actos que se realizaron en la EEHA desde su creación hasta 1992. También hay documentación relacionada con las dos organizaciones culturales que tenían aquí su sede, Juventudes musicales y el Club La Rábida (grupo de pintores que se constituyó en 1949).

Otra de sus partes es el archivo histórico de la biblioteca, que se crea, junto con el edificio actual de la EEHA, en 1946. En este archivo se encuentra documentación desde su inauguración ese mismo año, destacando la correspondencia con las numerosas y diversas instituciones mundiales con las que se establecieron relaciones de canje, así como sobre donaciones, partidas presupuestarias para compra de libros, etc. Se trata de un grupo de 110 cajas de conservación.

Las otras dos partes son dos archivos personales, uno donado por su protagonista, Francisco de la Barras y Aragón, sevillano polifacético de un saber renacentista, y Francisco Morales Padrón, americanista que llegó a ser uno de los principales directores de la EEHA. El primer archivo está formado por 29 cajas y el segundo por 13.  El archivo de Francisco de las Barras está descrito y en breve estará disponible sin barreras geográficas, físicas ni temporales gracias al proyecto de digitalización que actualmente se está desarrollando, unas 22.000 imágenes de sus más de 340 documentos. 

La línea de trabajo del archivo de la Biblioteca Americanista de Sevilla será terminar de identificar y describir en un primer lugar las cajas del archivo histórico de la EEHA, después las de la biblioteca, para realizar su digitalización lo antes posible. Esta biblioteca-archivo está comprometida con la accesibilidad de la documentación (siempre respetando cuanta normativa exista al respecto) al mismo tiempo que con su conservación.